Après des années de meurtres sur commande, quand il apprend qu'il a un fils, John Rain songe sérieusement à se retirer. Une femme qu'il a aimée, Midori, élève seule leur enfant à New York et John espère pouvoir nouer des liens avec cette famille dont il ignorait l'existence. Mais pour cela Midori doit réussir à lui pardonner d'avoir assassiné son père.
John Rain, Japonais de père et Américain par sa mère, trahi par les Etats-Unis lors d'opérations sabotage avec la CIA, devient tueur à gages et vit dans l'anonymat au Japon. Sa dernière cible est Kawamura, ministre des Travaux publics. Mildori, la fille de Kamawura, est en danger et, séduit, John décide de la protéger.
